Am 12. Juli 1940 wurde sie wegen der zunehmenden Gefahr von Bombenangriffen nach Gotenhafen (Gdynia, PL) geschleppt, wo sie nun fast ein Jahr lang festliegen sollte, bis sie aufgrund des deutschen Angriffs auf die Sowjetunion nach Stettin (Szczecin, PL) abgezogen wurde (19. 2 1. Juni 1941). Am 17. November traf sie wieder in Gotenhafen ein und diente dort als schwimmendes Lager für Edelholzvorräte der Kriegsmarine. Ein britisches Flugzeug fotografierte sie am 2. Juli und man stellte fest, dass sie für Proben innerhalb von 3 Wochen fertig sein konnte.
In der Nacht vom 27./28. August 1942 begannen neun britische "Lancaster" den Luftangriff. Die Graf Zeppelin wurde nicht getroffen.
Am 15. Mai 1942 wurde der Weiterbau und die Fertigstellung der Graf Zeppelin von Admiral Raeder befohlen. Man hatte vor, einen Radar und einen auffälligen halbrunden Schornsteinschutz zu installieren.
Um die Schlagseite von 4,5° nach rechts zu beseitigen, wurden Antitorpedoblasen mit verschiedener Beplankungs-Dicke montiert. Gleichzeitig ermöglichte es diese Maßnahme, das Tankvolumen zu vergrößern.
Vom 26. November bis 3. Dezember 1942 wurde der Träger nach Kiel geschleppt. Am 30. Januar 1943 erfolgte dann der endgültige Baustopp.

Es folgte die Verlegung nach Stettin (20. bis 23. April 1943). Dort wurde der Träger in der Mönne, einem Arm der Oder, festgemacht und getarnt. Unmittelbar vor dem Eindringen der Roten Armee in den Stettiner Raum, wurde die Graf Zeppelin am 24. April 1945 gesprengt. Laut des Vertrags nach dem Krieg, sollte die feindliche Flotte bis August 1946 verschrottet oder versenkt werden, aber der damalige Admiral der Rotten Flotte N. G. Kuzniecow befahl schon im Sommer 1945 den Träger abzudichten und zu heben. Ihre Brauchbarkeit wurde auf 80% geschätzt und am 19. September 1945 wurde sie unter dem provisorischen Name Zeppelin in Dienst gestellt.

Die Überholung sollte in Leningrad (St. Petersburg) stattfinden. Die Russen beluden den Träger voll mit Demontagegut: ( Panzer und Lokomotiven ). Dabei kippte der Träger im Hafen um.

Sie wurde wieder gehoben, aber die Schäden waren schon zu groß. Am 3. Februar 1947 wurde sie dem Schiffsbau Institut in Leningrad übergeben und als Schulungsschiff PB-101 ohne Antrieb benutzt. Es stellte sich heraus, dass die Versuche, die Folgen des Unfalls vertuschen sollten und der Träger versenkt werden sollte. Am 14. August 1947 wurde sie mit Luftbomben und Torpedos beladen, und verließ, vom Eisbrecher Wolyniec geschleppt, Swinemünde.

Der Konvoi bestand aus dem Minenräumboot T-742, dem Schnellboot SKA-486 und dem Schlepper L-67. Am 16. August stoppte die Gruppe auf der Position 55'48' Nord und 1830' Ost. Flugzeuge unternahmen innerhalb von zwei Tagen zusammen fünf Luftangriffe. Am Nachmittag des 18. August 1947, griffen drei Torpedokutter (darunter TKA-503) und Zerstörer Strogij, Slawnyj und Strojnyj die Graf Zeppelin an. Graf Zeppelin versank am Abend.

Am 20. September wurde sie von der Schiffsliste gestrichen. Bearbeitet von Marek Twardowski